El sistema tradicional de control empleado en microrobots se basa en el uso de microcontroladores. Estos sistemas presentan una enorme gama de modelos, diferenciados por la cantidad de recursos/periféricos que los componen. El uso de sistemas basados en microcontrolador permite disponer de la flexibilidad del software, pero en muchas ocasiones, el número de recursos/periféricos es menor al necesario para la tarea a realizar. La combinación de microcontrolador y dispositivo reconfigurable es quizás la mejor solución para todo tipo de tareas[20], ya que permite diseñar en el dispositivo reconfigurable los periféricos necesarios: coprocesadores, unidades operacionales, etc.
Como segunda alternativa se incluyendo una CPU dentro del dispositivo reconfigurable, lo que permite disponer de un sistema 100% adaptable a la tarea a realizar: tamaño de memorias, potencia de la CPU, etc, y al mismo tiempo, añadir los periféricos necesarios. Esta flexibilidad permite, además, mejorar la conexión de los periféricos a la CPU de una forma directa y más óptima, eliminando la necesidad de implementar soluciones basadas en protocolos de comunicación serie o paralelo.