Este es un campo muy interesante ya que no es necesario adaptarse a una CPU o microcontrolador proporcionada por un fabricante, sino que se diseña a medida de las necesidades. En el campo de las CPUs empotradas está trabajando Iván González que está constribuyendo al proyecto Cube Reloaded implementando esta solución aplicada a la locomoción del gusano. Los siguientes apartados se han copiado literalmente de [47], y han sido escritos por Iván González.
El sistema tradicional de control empleado en microbots se basa en el uso de microcontroladores. Estos sistemas presentan una enorme gama de modelos, diferenciados por la cantidad de recursos/periféricos que los componen. El uso de sistemas basados en microcontrolador permite disponer de la flexibilidad del software, pero en muchas ocasiones, el número de recursos/periféricos es menor al necesario para la tarea a realizar. La combinación de microcontrolador y dispositivo reconfigurable es quizás la mejor solución para todo tipo de tareas[46], ya que permite diseñar en el dispositivo reconfigurable los periféricos necesarios: coprocesadores, unidades operacionales,etc.
En esta alternativa se ha decidido aplicar la misma idea de flexibilidad también a la CPU, y por tanto, dar un paso más incluyendo la CPU dentro del dispositivo reconfigurable, lo que permite disponer de un sistema 100% adaptable a la tarea a realizar: tamaño de memorias, potencia de la CPU, etc. y al mismo tiempo, añadirle los periféricos necesarios. Esta flexibilidad permite además, mejorar la conexión de los periféricos a la CPU de una forma directa y más óptima, eliminando la necesidad de implementar soluciones basadas en protocolos de comunicación serie o paralelo.